El Jardín Botánico Nacional posee una biblioteca con aproximadamente 500 referencias de libros y revistas.

Ha recibido importantes donaciones como la “Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada” del Sabio don José Celestino Mutis”, notable obra de 25 tomos que condensa la flora de Colombia, Venezuela y los países que formaban el antiguo Reino de Granada, la donación fue hecha por el Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICAH). Asimismo recibió en donación la obra completa del sabio Francés Claudio Gay, 5 tomos de la Flora de Chile (1845).

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