La Fundación tiene como objetivo, según sus estatutos, el desarrollo de las ciencias, especialmente la ciencia botánica, objetivo que lo alcanza mediante la administración y desarrollo del Jardín Botánico Nacional.
Misión
Conservar los recursos genéticos de la flora nativa y exótica a través de la administración y gestión del Jardín Botánico Nacional en Viña del Mar.
Visión
Ser la entidad líder en Chile, en la conservación e investigación de la flora nacional y exótica, en la promoción del desarrollo sustentable a través de la creación de una red de Jardines Botánicos donde se ejecute educación ambiental, se realice investigación científica, se mantenga y conserve el patrimonio genético y en la administración de jardines botánicos a lo largo del país.

Objetivos Estratégicos la FJBN:
- Administrar el Jardín Botánico Nacional
- Propender a la creación de nuevos Jardines Botánicos en el País
- Propender a Institucionalizar los Jardines Botánicos con un adecuado marco legal y normativo